El Colegio San Prudencio surge en el curso 1954-55 como Asociación de Padres, Asociación Pedagógica San Prudencio, por iniciativa de un grupo de familias preocupadas por dar a sus hijos e hijas una enseñanza de calidad, participativa e innovadora. Ejemplo de ello es la introducción desde el principio de la coeducación, niños y niñas convivían y se educaban en la misma aula, (a pesar de no estar permitido por entonces) y de un nuevo método para el aprendizaje de la lectura y escritura. Del mismo modo uno de sus rasgos más característicos desde sus inicios ha consistido en destacar la importancia de la participación de los padres y madres, junto al profesorado, en la educación de sus hijos e hijas. Por ello se optó por la figura jurídica de Asociación, descartándose también cualquier ánimo de lucro.
El Colegio San Prudencio aportó en aquellos momentos un nuevo aire, unas formas más modernas y aperturistas en el quehacer pedagógico, con un alumnado y familias procedentes de muy diversos ambientes socio-económicos incluso ideológicos. En un principio, al carecer de instalaciones propias, comenzó a funcionar en aulas cedidas por la Escuela de Artes y Oficios de Vitoria.
La aprobación de la Ley General de Educación de 1970 obligó al Colegio a construir un nuevo edificio para cumplir los requisitos que ésta establecía, inaugurándose en 1979 coincidiendo con los 25 años desde su fundación, en terrenos cedidos por el Ayuntamiento de Vitoria-Gasteiz y que actualmente ocupa el centro en Duque de Wellington (Lakua). Este nuevo edificio tenía capacidad para 16 unidades de EGB y 2 de Preescolar.
En 1986 la antigua Asociación Pedagógica San Prudencio se transforma en una Sociedad Cooperativa de padres y madres para constituir una forma jurídica de mayor garantía y que mantuviera los objetivos de participación de sus orígenes. Por estas mismas fechas, la Junta Rectora decide ampliar la oferta educativa a BUP y COU requiriendo nuevas instalaciones y la construcción de un segundo edificio que se inauguran durante el curso 1990-1991 en terrenos adyacentes comprados en ese momento.
La aprobación de la LOGSE genera nuevamente necesidades por carencia de espacios por lo que se transforman de nuevo las instalaciones abriéndose un aulario para educación infantil y polideportivo, inaugurados en 1999.
Durante el curso 2004-05, coincidiendo con el 50 Aniversario se realiza una readaptación de espacios interiores para acondicionar un Salón de actos con capacidad de 300 personas. Al mismo tiempo, se comienza a estudiar la posibilidad de transformar la cooperativa de padres y madres a una nueva fórmula de cooperativa integral en la que los trabajadores se integran como socios, proceso que culminará en la Asamblea de Mayo 2005 en la que se aprueban los nuevos estatutos de la cooperativa, profundizándose así en la concepción de una escuela participativa.
Esta transformación posibilitó el crecimiento del centro dando respuesta a la demanda de la zona, decidiendo abrir una línea más que le diera una estructura más sólida a la organización y que exige una nueva ampliación, con la construcción de un tercer edificio inaugurado en el curso 2007-08. Esto permite, al mismo tiempo, introducir las enseñanzas del primer ciclo de educación infantil, a partir del curso 2008-09.
Como ya se ha visto desde sus orígenes el Colegio San Prudencio se ha caracterizado por su preocupación por la participación, la calidad, la integración de la diversidad y la innovación. Constantemente se ofertan nuevos servicios y proyectos y se implantan nuevas metodologías (aprendizaje cooperativo, modelo trilingüe, lectura en parejas, mediación de alumnado, huerto escolar..) y así ha sido reconocido por las instituciones en numerosas ocasiones destacando, entre otras, la declaración de entidad de utilidad pública, la Q de Plata en 2010 y la Q de Oro (premio vasco a las calidad de la gestión) en 2014, la certificación de escuela sostenible, etc..